Το σπήλαιο έγινε γνωστό για τα παλαιοντολογικά και παλαιοανθρωπολογικά του ευρήματα ήδη από το 1960, μετά την τυχαία ανακάλυψη σε αυτό από τον κάτοικο των Πετραλώνων Χ. Σαρρηγιανίδη, του περίφημου απολιθωμένου ανθρώπινου κρανίου. Η αξία του ευρήματος και η μοναδικότητά του έδωσαν αφορμή σε μια σειρά εργασιών μέσα και έξω από το σπήλαιο. Το 1968 και την περίοδο 1974–1988 διενεργήθηκαν ανασκαφές στο σπήλαιο από τον (παλαιο)ανθρωπολόγο Άρη Πουλιανό.
Στις δημοσιεύσεις του Πουλιανού για το σπήλαιο γίνεται λόγος για λίθινα και οστέινα εργαλεία, ο προσωρινός όμως χαρακτήρας των δημοσιευμάτων δεν μας δίνει μια σαφή εικόνα τους. Τα ευρήματα οπωσδήποτε είναι σπουδαιότατα και αποτελούν τις πρώτες μαρτυρίες κατοίκησης του ελληνικού γεωγραφικού χώρου.
Από ανθρωπολογικής άποψης το απολιθωμένο κρανίο είναι σπουδαιότατο εύρημα, όμως δεν υπάρχει ομοφωνία των ειδικών για την χρονολόγησή του και για την αξιολόγησή του. Οι κύριες απόψεις αποκλίνουν σημαντικά και το κρανίο θεωρείται ως ανήκον σε άνθρωπο που έζησε περίπου 700.000 χρόνια πριν από σήμερα κατά την μία και περίπου 200.000 χρόνια πριν από σήμερα κατά την άλλη.
Δυστυχώς δεν διαφαίνεται κάποιος συμβιβασμός ούτε προδιαγράφεται κάποια προσέγγιση μεταξύ των ειδικών και το εύρημα παραμένει ανεκμετάλλευτο ανθρωπολογικά και αρχαιολογικά. Είναι επιτακτική η ανάγκη να δοθεί μια αξιόπιστη απάντηση για την αξιολόγηση των σημαντικότατων ευρημάτων του σπηλαίου των Πετραλώνων.